- Un site Natura 2000 ne peut être désigné que sur la base d'inventaires scientifiques poussés
- Seule la découverte sur un territoire d'espèces animales, végétales ou d'habitats listés dans les annexes des Directives "Habitats" et "Oiseaux" permet cette désignation
- Le site Natura 2000 est lancé officiellement par la création d'un Comité de Pilotage (ou COPIL), rassemblant un collège de représentants des services de l'état et de ses établissements publics, des collectivités territoriales, des organismes socio-professionnels, d'associations de loisirs et de protection de l'environnement
- Le Comité de Pilotage désigne un "Opérateur" : structure qui sera chargée de rédiger un Document d'Objectifs (ou DOCOB)
- Ce DOCOB a vocation à devenir un document de référence pour le site
- Le DOCOB s'appuie sur un diagnostic écologique et socio-économique précis et fixe les grandes orientations de gestion du site ainsi que les actions concrètes à mettre en oeuvre et leurs financements
- Après validation en COPIL, le DOCOB est mis en oeuvre ; la France a fait le choix d'une gestion contractuelle et basée sur le volontariat
- Tous les titulaires de droits réels sur des parcelles à l'intérieur du site Natura 2000 peuvent alors adhérer à la démarche via :
- des contrats Natura 2000 agricoles
- des contrats Natura 2000 forestiers
- des contrats Natura 2000 non-agricoles, non forestiers
- la Charte Natura 2000
(le contractant s'engage alors, volontairement, pour une durée de 5 ans)